A falu neve eredetileg kizárólag a várra vonatkozott. A település neve valójában Váralja volt. Említése 1461 után már nem szerepel az okmányokban, amiből arra lehet következtetni, hogy a település a török idők elején megsemmisült. A vár hadászati jelentősége a törökök kiűzése után megszűnt, és a Csókakő elnevezés a lassan újra népesedett településre tevődött át. A legvalószínűbb azonban, hogy a vár és később a település a csóka madárról kapta a nevét.
A község melletti 479 méter magas sziklára a XII. században épült fel Csókakő vára. A vár és a falu honfoglalás- és Árpád-kori előjére van néhány adatunk. A Bödönkúton falura vagy tanyák létezésére utaló cserepeket találtak. Rómer Flóris még látta annak a templomnak a romjait, amely a Puszta-Csókával azonos falu lehetett. Látóhegy és Pusztacsóka találkozásánál egy domb található, ahol emberi csontokat és koponyákat találtak. Ez a terület lehetett a vár és a falu X-XIII. századi elődje.